透明度是评估宝石的一个重要因素。翡翠的清晰度指的是内部缺陷的程度。翡翠具有许多品质，影响清晰度的因素复杂多样。因此，缺陷的观察应该用肉眼来判断。它的性质大致可分为以下几类:
(1)矿物本身的不同颜色是造成的。
(二)由共生矿物所致，如长石、纳铬辉石、闪石类矿物。另外还有金属矿物，如铬铁矿、辉矿，及非晶质物质等。
(三)存在在裂隙中的次生矿物所致。翡翠的瑕疵应可分为以下类型：
1)按颜色分类：
2)按呈现形状分
a)点状:这种点状瑕疵与周围翡翠的颜色有明显的区别。按矿物组成可分为黑色瑕疵(黑花)和白色瑕疵(白花)。一般来讲，深色翡翠往往含有黑色瑕疵，而浅色翡翠常含有白色瑕疵。
b)丝状:丝状瑕疵主要是由纤维状矿物组成，多数为棕色，形状像烟丝一样，使翡翠的颜色显得较暗。此外，还有一种丝状的瑕疵为白色，有时会浮现在表面，这样会降低透光性和鲜阳度，行家称其为“白花益顶”。也影响翡翠透光性。
c)薄膜状：呈黑色和棕黄色，是由次生矿物引起的。这些黑色和棕黄色的次生矿物，使翡翠显得很“脏”，影响了颜色的纯正度，因此降低了美观和价值。
翡翠净度可按瑕疵与底及色的反差度高低、瑕疵的形状、大小，及其处的位置，综合对美观有不同程度的影响来定。如深色的翡翠有白色的花就比浅色翡翠出现为严重。要知道的是，瑕疵对高价，尤其是极高价的翡翠影响大，而对低价的翡翠影响较小。
